Đến giữa tháng 4 năm 1945, Nhật Bản không còn đủ tài nguyên vật liệu để duy trì việc sản xuất khinh khí cầu bom, khi cả nguồn cung giấy và khí hydro đều ở mức rất thấp. Ngoài ra, vì sự kiểm duyệt thông tin chặt chẽ của Hoa Kỳ nên Lục quân Đế quốc Nhật Bản không nắm bắt rõ được kết quả của các đợt phóng Fu-Go của họ. Chiến dịch phóng Fu-Go sau đó được tạm dừng, và người Nhật không có ý định tiếp tục dù các luồng tia đã mạnh trở lại vào mùa thu năm 1945.[45] Quả Fu-Go cuối cùng được phóng vào ngày 20 tháng 4, nâng tổng số khinh khí cầu bom được người Nhật sử dụng lên đến 9.300 quả (khoảng 700 quả vào tháng 11 năm 1944, 1.200 quả vào tháng 12 năm 1944, 2.000 quả vào tháng 1 năm 1945, 2.500 quả vào tháng 2, 2.500 quả vào tháng 3 và khoảng 400 quả vào tháng 4). Chỉ có khoảng 300 quả Fu-Go đã được phát hiện hoặc tìm thấy ở Bắc Mỹ.[46] Bom khinh khí cầu Fu-Go được coi là hệ thống vũ khí đầu tiên trong lịch sử có tầm bắn xuyên lục địa, một sự phát triển quan trọng trong chiến tranh, theo sau đó là sự ra đời của tên lửa đạn đạo liên lục địa (ICBM) đầu tiên trên thế giới, R-7 "Семёрка" của Liên Xô, vào năm 1957.[47][48][49]

Theo báo cáo của Hoa Kỳ, chỉ có "một hoặc hai" đám cháy cỏ nhỏ được cho là do bom khinh khí cầu gây ra. Như các quan chức của Lục quân Đế quốc Nhật bản dự đoán được, việc phóng các quả Fu-Go vào mùa đông và mùa xuân đã làm hạn chế khả năng tạo các đám cháy do lượng mưa cao ở khu vực Tây Bắc ven biển Thái Bình Dương, cùng với đó là các khu rừng ở Bắc Mỹ thường bị tuyết bao phủ hoặc quá ẩm ướt để bắt lửa.[50] Ngoài ra, phần lớn khu vực miền tây Hoa Kỳ ghi nhận được lượng mưa cao một cách bất thường vào năm 1945, với một số khu vực ghi nhận được lượng mưa từ 10–25 cm (3,9–9,8 in) nhiều hơn bất kỳ năm nào khác trong thập kỷ. Thiệt hại nghiêm trọng nhất gây ra bởi bom Fu-Go là vào ngày 10 tháng 3 năm 1945, khi một quả khinh khí cầu bom bay về vùng Toppenish, Washington và va chạm với đường dây điện cao thế. Sự cố này đã gây ra hiện tượng đoản mạch và khiến Công trường Công binh Hanford (HEW) của Dự án Manhattan bị mất điện, cùng với ba lò phản ứng hạt nhân phải dừng hoạt động. Nguồn điện nhanh chóng được khôi phục lại nhờ vào hệ thống phát điện dự phòng, nhưng người Mỹ phải mất đến ba ngày để có thể khôi phục các lò phản ứng hạt nhân làm giàu plutoni về công suất hoạt động ban đầu. Plutoni sản xuất tại đây sau được sử dụng để làm lõi cho quả bom nguyên tử "Fat Man," được thả xuống Nagasaki vào ngày 9 tháng 8 năm 1945.[51]